宝石的鉴定，一般可以分为原石和成品两大类。
对于原石的鉴定，又可以分为野外鉴定和室内鉴定。野外鉴定多数采用放大镜和小刀等简单工具，用以初步对宝石矿物进行定名。室内鉴定主要是利用各种手段和仪器，进一步测定宝石矿物的数据，为鉴别宝石提供重要依据。
对于宝石成品的鉴定，必须是在不破坏宝石完整性的前提下去鉴别所测定的宝石。
目前常用的、易于掌握的宝石鉴定仪器有以下几种：
1．笔式聚光手电：用来观察浓色宝石的透明度。聚光手电的电珠应凹于笔头面，不能凸出笔头面，否则不便于观察。
2．放大镜：是宝石放大观察的仪器之一。最常用的是10倍放大镜，还有20、30倍的几种。放大镜是宝石专家的关键工具和必备之物，便于携带。可用它来鉴定宝石的品种和真伪。用放大镜可以观察：（1）宝石的表面损伤、划痕、缺陷。（2）琢型质量。（3）抛光的质量。（4）宝石内部的缺陷、包裹体。（5）颜色的分布和生长线等。鉴定时，应将宝石置于离10倍放大镜约2.5厘米的强光之下，慢慢调节距离，直到看清楚为止。选择放大镜的质量也很重要，质量差者在放大时将产生图形畸变。
3．二色镜：有的宝石具有多色性，观察宝石多色性最好的仪器是二色镜。二色镜是一种结构合理、价格便宜、小巧简单的光学仪器。二色镜使用的是一块合适的透明的无色方解石（冰洲石）菱面体，由于冰洲石的双折射率较高，该仪器可以将穿过宝石的两条平面偏振光线分离开来。要求必须是有颜色透明的单晶体宝石才能够检测出多色性，玉石不能检测多色性。二色镜主要用于区别红宝石和红色尖晶石、红色紫牙乌；区别蓝色尖晶石和细小的蓝碧玺；区别蓝宝石和蓝色人工合成尖晶石等。用二色镜检测宝石时必须不断转动宝石，直到两个差异最大的颜色出现在窗口上为止。对于宝石的三色性的确定，必须认真地反复检测，从三个不同的方向观测，出现三种颜色才是三色性。检测时注意：眼睛、二色镜和宝石样品，其间距应不超过2-5毫米。
4．折光仪：折光率是透明宝石重要的光学常数，是鉴定宝石品种的主要依据。测折光率的方法主要有两种：一种是直接测量法，用折光仪测量；另一种是相对测量法，用液体浸没法。折光仪是根据光的全反射的原理制造的。目前常用的折光仪只适用于折光率为1.36-1.81范围内的宝石。宝玉石的折光率（N）的计算方法为光在空气中的传播速度（V1）与在宝石中的传播速度（V2）之比为一个常数，即N=V1 /V2 。均质体宝石，光在其中传播，传播速度不变，折光率相等，称之为单折光率。非均质体宝石，在折光仪中有两个读数，最大、最小折光率值之间的差值，称之为双折光率。折光仪是宝石学家最常使用的仪器之一，它的体积小，使用方便。他既可以测试刻面宝石的折光率，还可以用点测法测出弧面宝石的折光率。
5．查尔斯滤色镜：滤色镜是利用吸收光的特定波长这一特征而设计的。它由两片仅让深红色和黄绿色光通过的明胶滤色镜组成的宝石鉴定仪器。滤色镜小巧轻便，便于携带，对识别一些染色宝石和人造宝石特别有效，对识别炝色翡翠非常有效。它可以鉴别祖母绿和其它仿造品，而要准确地确定，还要借助于其它方法综合考虑。在滤色镜下祖母绿呈现红色或粉红色，而其它和祖母绿相似的天然绿色宝石，在滤色镜下观察不显红色。
6．宝石显微镜：宝石放大观察的一种重要的仪器。它能够检测10倍放大镜不能清晰地确认或观测到宝石外部和内部特征。宝石显微镜可以观察宝石内部的包裹体、解理、双晶纹、生长线、色带；观察宝石的磨工、抛光度和意外损伤；鉴别拼合宝石二层石、三层石。宝石显微镜的结构合理，辅助设备齐全，放大倍数可变幅度较大，一般是10至70倍。宝石显微镜有两种光源，一般用底灯观察宝石的内部缺陷，如包裹体、裂隙等；用反射灯观察宝石的表面特征，如断口、色带、解理面等。宝石显微镜是精密仪器，要严格按操作规则使用。
7．热导仪：热导仪是根据钻石具有良好的传热性而设计制作的。绝大多数宝石不具备热导性或热导率极低，所以一般热导仪均为区别钻石与人造仿钻制品而设计的，是鉴别钻石与其它仿钻制品的专用仪器。钻石热导仪由金属针状测头与控制盒组成，当测头尖端触及钻石表面时，温度明显降低，由仪器表头信号灯或鸣叫声显示测定结果。热导仪长十多厘米，便于携带，使用极为方便。
8．偏光器：是使平面偏振光垂直相交，光线通不过的原理制造的一种简单的光学仪器。偏振器是由两个震动方向垂直的偏光片、支架和底部照明灯组成。用以检测宝石的光性（是均质体还是非均质体）和多色性。在打开照明灯的偏光器中，转动观察宝石样品的明暗变化情况。（1）如果样品明亮，没有明暗变化，可能是隐晶质或微晶集合体，如玉髓、翡翠等。（2）如果样品全黑，没有明暗变化，将样品变换一个角度继续观察，如果仍然无明暗变化，样品属均质体。属均质体的宝石有等轴晶系和非晶质宝石。（3）如果转动宝石360°时，宝石样品发生四次明暗变化，这表明样品为非均质体。属非均质体的宝石有四方、六方、三方、斜方、单斜、三斜晶系中的宝石。（4）如果样品在正交偏光下转动时，可看到灰暗的蛇纹状、网格状或不规则的现象，则可能是均质体宝石所呈现的异常干涉色，此时应十分注意。利用偏光器，还可以检测宝石的多色性，能够验证宝石的非均质性和均质性。
此外，常用的宝石鉴定仪器还有吸收光谱摄谱仪、荧光灯、X射线衍射仪、电子探针等。